Dari berbagai sumber yang telah ditelusuri dan digali,asal usul Desa Watangpanjang memiliki banyak versi cerita yang cukup bervariatif, hal tersebut disebabkan oleh banyaknya sunber cerita yang kemudian dipercaya dan dijadikan pedoman sebagai keramat orang yang pertama datang atau membabat alas untuk dijadikan sebuah Desa atau perkampungan.
Dari beberapa sumber yang digali dan ditelusuri bahwa asal usul Desa Watangpanjang tidak terlepas adanya dua tokoh yaitu Mbah Adji Kertosono dan Empu Sumber yang saat itu membabat hutan diperkampungan Desa Watangpanjang saat ini dikisahkan kedua tokoh tersebut harus melewati sungai yang memisahkan wilayah Desa Watangpanjang dan Desa Sambopinggir yaitu sungai Kali Dewot. Untuk melewati sungai tersebut kedua tokoh tersebut mengunakan bambu ( Watang ) untuk menyeberang sungai.Dengan dasar tersebut maka perkampungan/ Dusun yang dibabat kedua tokoh diberi nama perkampungan/ Dusun Watangan.
Sedangkan untuk wilayah Dusun yang satu yaitu Dusun Kleco dikisahkan seorang tokoh yaitu Mbah Suwarno yang meminta sebidang tanah kepada Mbah Adji Kertosono untuk tempat tinggal dan diperluas dengan membabat hutan hingga sampailah menjadi perkampungan / Dusun Kleco yang mana asal mulanya dari kata Kreco, yaitu sejenis siput yang pada waktu itu banyak dijumpai .
Tahun berganti tahun maka disetiap Dusun dipimpin sesorang Petinggi, untuk Dusun Kleco dipimpin Petinggi Ngaido sedangkan untuk Dusun Watangan dipimpin Petinggi Rasiman. Sepeninggalnya Petinggi Ngaido tidak ada yang mengantikannya maka Dusun Kleco bergabung dengan Dusun Watangan dan dibawah pimpinan Petinggi Rasiman, maka sejak itulah dua Dusun melebur jadi satu dan diberi nama Desa Watangpanjang sampai saat ini.
Pada masa penjajahan Belanda Desa Watangpanjang berbentuk Pemerintahan Desa yang dipimpin oleh seorang Petinggi (sebutan Kepala Desa pada zaman itu) yang membawahi 2 (dua) Pedukuhan yaitu :
- Pedukuhan Watangan sebagai Krajan
- Pedukuhan Kleco
Tiap-tiap Pedukuhan dipimpin oleh seorang Kepala Pedukuhan yang pada saat itu disebut Bebahu. Setelah diberlakukan undang No 5 tahun 1979 tentang Pemerintahan Desa, Bebahu diubah menjadi Kepala Dusun yang membawahi RT/RW yang dibantu oleh Kebayan, Kamituwo serta lembaga lainnya.Mereka semua menjalankan fungsinya masing-masing dengan baik.Sebagai imbalan dari pelayanan mereka, masyarakat menyediakan lahan pertanian untuk diberika kepada mereka(tanah ganjaran)